Strukturelle Massenspektrometrie & XFEL-Methodenentwicklung

Themengebiet & mögliche Projekte

• Simulationen ionischer Trajektorien (MS SPIDOC)
• Entwicklung einer Python-basierten Steuerungssoftware
• Aufbau & Benchmarking eines in-vacuum TOF-Analysators
• Scattering- & Trajektoriensimulationen (Python)
• Methodenentwicklung für gasphasenbasiertes SAXS an XFELs
• Instrumentenentwicklung, Ionentransport & Vakuumsysteme
• Probenvorbereitung & Charakterisierung biomolekularer Komplexe

Mögliche Methoden

• Native Massenspektrometrie (Ionisation, Massenselektion, Ionenoptik)
• Ionentrapping und Ionentransfersysteme (MS SPIDOC)
• SAXS an XFEL-Anlagen
• Simulationen (SIMION, SIMAX, Python)
• Röntgenbeugung & Spektroskopie

Ansprechpartner

Thomas Kierspel

Proteoformenanalyse von SARS-CoV-2 N-Protein

Themengebiet & mögliche Projekte

• Mutagenese & Proteinbiochemie
• Analyse von Wildtyp- und Mutantenproteinen
• Charakterisierung von Proteoformen mittels native Massenspektrometrie

Mögliche Methoden

• Native Massenspektrometrie
• Top-down-Proteomics
• Proteinbiochemie
• Immunopräzipitationen

Ansprechpartnerin

Kira Schamoni-Kast

Coronavirus RTC – Struktur & Polyproteinprozessierung

Themengebiet & mögliche Projekte

• Struktur- und Funktionsanalyse verschiedener Coronavirusarten
• Assemblierung & Charakterisierung von RTC-Subkomplexen
• Vergleichende Analysen polyproteinabhängiger Komplexbildung

Mögliche Methoden

• Native Massenspektrometrie
• Proteinbiochemie

Ansprechpartnerin

Fatema-Aqila Said

Struktur & Biophysik menschlicher Norovirus-Kapside

Themengebiet & mögliche Projekte

• Co-Assemblierung von Wildtyp- und Mutantenproteinen
• Einfluss viraler Helikasen auf Kapsidbildung
• Mechanische Eigenschaften verschiedener Capsidvarianten
• Glykan-abhängige Veränderungen

Mögliche Methoden

• Charge-Detection-Massenspektrometrie (CDMS)
• Rasterkraftmikroskop (AFM; inkl. Nanoindentation)
• Single-particle Cryo-Elektronenmikroskopie
• Native Massenspektrometrie

Ansprechpartnerin

Jennifer Rothe

Protein-Protein-Interaktionen bei Lassa-Virusinfektion

Themengebiet & mögliche Projekte

• Expression humaner Interaktionspartner
• Mapping von Virus-Host-Interaktionen
• Strukturanalysen mithilfe kombinierter Massenspektrometriemethoden

Mögliche Methoden

• Native Massenspektrometrie
• HDX-Massenspektrometrie
• Proteinbiochemie
• Computational/Structural Modelling

Ansprechpartnerin

Wiebke Schultze

Interaktom des SARS-CoV-2 N-Proteins

Themengebiet & mögliche Projekte

• Analyse von Interaktomkandidaten auf Phasenseparation mit dem N-Protein mittels Corelet™-Plattform

Mögliche Methoden

• Klonierung
• Zellkultur & Transfektion
• Lichtmikroskopie
• Bottom-up Proteomics (limitiert)
• Native Massenspektrometrie (limitiert)

Ansprechpartner

Jonas Schröder